Альтернативная реальность, напоминающая викторианскую Европу начала бурного развития научно-технического прогресса. Юный Падзу, подмастерье инженера, отвечающего за исправную работу подъёмника шахты, случайно знакомится с загадочной девочкой с косичками, буквально упавшей с неба прямо ему в объятия. Оказывется, за незнакомкой гонятся по пятам воздушные пираты, армия и правительственные агенты, пытаясь заполучить хранящийся у неё Летающий Камень, который является ключом к мифическому летающему острову, некогда принадлежащему давно погибшей древней цивилизации. Так начинаются увлекательные приключения двух детей, в ходе которых они открывают тайну Небесного замка Лапуты...
История начинается в далёком будущем в далёкой галактике. Галактический Альянс Людей ведёт войну против существ расы Хидаазу. Во время ожесточённых боёв молодой лейтенант Ред и его гуманоидное мобильное оружие Кэмбер попадают в искажение пространства и времени. Пробудившись, Ред понимает, что прибыл на Землю, планету на дальней границе фронта Альянса. На этой планете, поверхность которой полностью покрыта морями, люди живут на флотах из гигантских кораблей, "сохранённых реликвий из глубин морей". Ред оказывается на флоте под названием Гаргантиа. У него нет знаний по истории планеты и её культуры, но он встречает Эми, 15-летнюю девушку, работающую в качестве курьера. Для Реда, прожившего всю жизнь…
Сотни лет люди живут в глубоких пещерах, в постоянном страхе перед землетрясениями и обвалами. В одной из таких подземных деревень живет мальчик Симон и его «духовный наставник» — молодой парень Камина. Камина верит, что наверху есть другой мир, без стен и потолков; его мечта — попасть туда. Но его мечты остаются пустыми фантазиями, пока в один прекрасный день Симон случайно не находит дрель... вернее, ключ от странного железного лица в толще земли. В этот же день происходит землетрясение, и потолок пещеры рушится — так начинается поистине эпическое приключение Симона, Камины и их компаньонов в новом для них мире: мире под открытым небом огромной Вселенной.