Альтернативная реальность, напоминающая викторианскую Европу начала бурного развития научно-технического прогресса. Юный Падзу, подмастерье инженера, отвечающего за исправную работу подъёмника шахты, случайно знакомится с загадочной девочкой с косичками, буквально упавшей с неба прямо ему в объятия. Оказывется, за незнакомкой гонятся по пятам воздушные пираты, армия и правительственные агенты, пытаясь заполучить хранящийся у неё Летающий Камень, который является ключом к мифическому летающему острову, некогда принадлежащему давно погибшей древней цивилизации. Так начинаются увлекательные приключения двух детей, в ходе которых они открывают тайну Небесного замка Лапуты...

"Бесполезный урок не имеет смысла. Тот, кто ничего не потерял, не сумеет ничего достичь"... Алхимия — это наука, занимающаяся преобразованием материи из одних форм в другие. Для использования алхимии требуется знать принципы химии и физики. Алхимики могут превращать одни вещества в другие и изменять форму вещей, есть возможность также соединять живых существ, создавая химер, или прикреплять душу к неодушевлённому предмету с помощью печати кровью... Основа Алхимии - равноценный обмен. Хочешь получить что-то, нужно что-то отдать. И никак иначе. Но двое братьев преступили закон алхимии, пытаясь воскресить человека. Человека, который являлся их матерью. "Наша мама была очень доброй. Мы лишь хотели…

Фильм представляет собой прямое продолжение сериала и ещё больше отступает от манги-оригинала. Здесь сохраняется драматизм "Стального алхимика", а сюжет по-прежнему связан с проблемой выбора и платы за этот выбор. Но если в сериале братья Элрики искали философский камень, дабы исправить совершённые ошибки, то теперь поисками занят только Эдвард, разлучённый с младшим братом. Альфонс вернул себе тело, но утратил память. Эда, прошедшего через Врата, выбросило в параллельной реальности, похожей на нашу. Это Германия, двадцатые годы ХХ-го века, и национал-социалистическая партия набирает силу. Алхимия бесполезна, поэтому Эдварду приходится использовать протезы. Его приютил молодой изобретатель, очень…