Действие происходит в эпоху Сэнгоку, Рантару, Киримару и Синбэй - молодые ученики Академии ниндзюцу, школы, где учат всех желающих стать ниндзя. Известные как "нинтамы" (сокращение от ниндзя + тама [яйцо]), главная троица, как и многие другие ученики школы, должны научиться всевозможным уникальным навыкам, чтобы достичь своей цели. К сожалению, не все так просто, ведь наши главные герои постоянно проваливают занятия.
Строгие учителя-ниндзя Дои-сэнсэй и Ямада-сэнсэй, озорные девочки из класса куноичи, целая команда пиратов и еще десятки интересных персонажей - в безумном мире Нинтамы может произойти все, что угодно.
