После разрушительного нападения пришельцев человечество было вынуждено покинуть Землю. Теперь люди живут на огромных космических кораблях, а с пришельцами бьются на специальных мехах, пилотом одного из которых станет и главный герой. Танигазе Нагате, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония» по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо - гауна. Какова же роль Нагате в предстоящей битве с гауной?

Космический корабль Сидония - последний ковчег человечества посреди враждебного космоса, продолжает свою борьбу за выживание. На этот раз враг не только снаружи, но и внутри корабля.

Год 2041. Новый враг по имени Zerabaia внезапно появляется в солнечной системе, разрушая все военные сооружения, встречающиеся ему на пути. Однако, могущественный Дрема Кляйн уже знает об этом запланированном вторжении и тайно подготовил свою армию к сражению. Его козырная карта - Gravion, гигантский робот, воплощение новейших технологий человеческой мысли. Тем временем молодой человек по имени Eiji, в поисках потерявшейся сестры тайно проникает в организацию Дремы Кляйна. Именно там он встречает другого молодого человека по имени Тоги... Вот эти два героя вместе с четырьмя другими людьми теперь и будут бороться с Zerabaia на борту робота Gravion, чтобы защитить землю от нависшей угрозы.