После разрушительного нападения пришельцев человечество было вынуждено покинуть Землю. Теперь люди живут на огромных космических кораблях, а с пришельцами бьются на специальных мехах, пилотом одного из которых станет и главный герой. Танигазе Нагате, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония» по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо - гауна. Какова же роль Нагате в предстоящей битве с гауной?

Космический корабль Сидония - последний ковчег человечества посреди враждебного космоса, продолжает свою борьбу за выживание. На этот раз враг не только снаружи, но и внутри корабля.

Второй сезон является прямым продолжением первого, в коем нам повествуют о не таком уж далёком будущем: чтобы уничтожить человечество на Землю прилетают Зерабайи - полуживые эволюционирующие в процессе первого сезона монстры, по виду похожие на всякие мечи, булавы и прочее оружие с наворотами. Однако предвидевший это миллиардер представляет широкий публике секретное оружие именно против зерабайи - это Гравион, робот, состоящий из пары самолётов, разделяющегося бура, бомбардировщика, похожего на B2 и, собственно, основы - робота поменьше. Для управления всеми этими железяками необходима специальная сила, она же устойчивость к гравитации - силе, на которой Гравион и работает. Нам раскрывают, что…