История начинается в далёком будущем в далёкой галактике. Галактический Альянс Людей ведёт войну против существ расы Хидаазу. Во время ожесточённых боёв молодой лейтенант Ред и его гуманоидное мобильное оружие Кэмбер попадают в искажение пространства и времени. Пробудившись, Ред понимает, что прибыл на Землю, планету на дальней границе фронта Альянса. На этой планете, поверхность которой полностью покрыта морями, люди живут на флотах из гигантских кораблей, "сохранённых реликвий из глубин морей". Ред оказывается на флоте под названием Гаргантиа. У него нет знаний по истории планеты и её культуры, но он встречает Эми, 15-летнюю девушку, работающую в качестве курьера. Для Реда, прожившего всю жизнь…

В этом мире ледяные шапки Земли в XXI веке тоже подтаяли, но по морям-океанам особо не поплаваешь – откуда ни возьмись, явился «Флот Тумана» из разумных кораблей. Пришельцы, ведомые искусственным интеллектом, превосходящие землян технически, блокировали привычные водные и воздушные пути, в результате люди стали пленниками сухопутья. Совершенные боевые корабли Тумана, многие из которых имеют человеческую аватару, господствуют в море, но не трогают сушу. Прошло почти двадцать лет, а конца конфликту не видно. Впрочем, со временем перебежчики появились с обеих сторон, а это значит, что взаимопонимание в принципе возможно! Японцам не привыкать к островной жизни, при этом лихих флотоводцев у них всегда…

Космический корабль Сидония - последний ковчег человечества посреди враждебного космоса, продолжает свою борьбу за выживание. На этот раз враг не только снаружи, но и внутри корабля.

Главный режиссёр второго сезона Сидонии, Сэсита Хироюки, на фестивале анимационных фильмов Annecy сообщил, что третий сезон в работе.