Начало XXI века. Великая Япония все еще находится во власти сёгуната Токугавы, поддерживающего независимость страны с помощью Мастер-самураев - воительниц, заключивших контракт с душой великого военачальника, обычно - самурая периода Эдо. Их сил было достаточно, чтобы отбивать атаки бомбардировщиков во время Второй Мировой войны, но сейчас их число убывает. Ягю Мунэакира отправляется в Академию Буо, где обучаются будущие самураи, чтобы стать новым главой школьного додзё. Там он встречает принцессу Токугаву Сэн и ее противницу, Санаду Юкимуру, а также их верных подчиненных Хаттори Хандзо и Гото Матабэй. А когда он попадает в передрягу, с небес на него спускается обнаженная девушка, представившаяся…

Кажется, дела у Ягю Мунэакиры налаживаются. Он не только устроил отношения с Дзюбэй, бессмертной девушкой-самураем, свалившимся с небес прямо к нему в объятья с поцелуем. Ему также удалось воспользоваться своей способностью пробуждать тайные силы девушек-самураев с помощью поцелуев, чтобы собрать вокруг себя немало могучих и женственных воительниц. Более того, он привел их к победе над приспешником великого зла. Неужели он просит слишком многого - всего лишь передышки от спасения Японии? Похоже, и вправду многого. На японские земли надвигается новое зло, еще сильнее прежнего. Впрочем, это не главная напасть. У Мунэакиры есть проблемы поважнее - того рода, которые возникают, если целовать девушек-самураев…

В далеком будущем люди живут в околоземном пространстве, вокруг Солнца раскинулась огромная сфера Дайсона, а человечество все так же рвут на части междоусобицы. Главными силами конфликта являются германская империя Доруссия, Атлантическая Федерация Арус и экономически успешный, но не богатый военными ресурсами Джиор, наследник маленькой, но гордой островной нации. Доруссия вторгается во владения Джиора в Сфере, торгаши из Аруса бросают бывших союзников, атакованные модули падают в руки врага, как спелые яблоки… кроме одного. А там в чем дело? Дело в том, что в модуле-77 расположена старшая школа Сакимори, а с японскими… то есть, джиорскими школьниками шутки плохи! Это в мирное время старшеклассник…

Идёт 71 год Истинного Летоисчисления. Вследствие перенаселённости Земли человечество совершило бросок в космос и создало гигантскую колонию под названием сфера Дайсона. В это время на Земле почивают сверхдержавы СШАК и Доруссия, а так же образуется Новый Третий Рейх. Сериал начинается с нападения Доруссии на сферу ЯНОР №1, 77 модуль, хранящую в себе новейшее вооружение. Жители пытаются найти укрытие. Среди них оказывается Токишима Харуто, рядом с которым случайно оказывается гуманоидное оружие Валврейв. Увлечённый местью, подросток забирается внутрь, активирует механизм и отражает атаку Доруссии…

Как уже давным-давно заведено: история повествует нам об обычном японском школяре Коге Рёске, в жилах которого бурлит кровь подростка-извращенца и большого дамского почитателя, его любимая фраза и постулат принципов жизни: "Девушками надо дорожить!" Что само по себе является его особой чертой. Этот паренек никогда не посчитает зазорным помочь незнакомой девушке, если та попала в беду. И как-то возвращаясь домой из школы в дождливую погоду, он вдруг замечает таинственную незнакомку, вставшую посреди улицы и мокнущую под дождем. Как истинный джентельмен он предлагает ей пойти к нему домой, чтобы обсохнуть и погреться, разумеется надеясь на некоторую "благодарность" с ее стороны, однако оказавшись…

После 10-го столкновения NOVA, Шевалье пришел к выводу, что NOVA появляется в более стабильном темпе, и они теряют больше Пандоры, чем они могут произвести. Их решением является проект "Э-Пандора", в рамках которого нормальные люди получают возможность стать Пандорами. Пригласив Пандору со всего мира на свою базу на Аляске, они стали свидетелями открытия своего нового проекта - Спутник, Казуя и Рана - одни из тех, кто был вызван на встречу. Однако со временем проект "Электронная Пандора" начинает становиться рыбаком, а Пандора - все более обеспокоенной...

Три небольших сюжета, дополняющих основное повествование.

Молодой парень Синитиро, по совету своего преподавателя, чтобы оплатить жилье, устроился работать к ее знакомым. Работенка не пыльная, всего то нужно приглядывать за чистотой и порядком. Однако, его работодательницей оказалась девушка по имени Сакуя, 37 глава клана Симадзу, в чьи обязанности входят экзорцизм и устранение различных демонических существ. Благодаря кривизне своих рук Синитиро случайно выпускает одно из этих существ на волю, и чтобы поймать его, эта парочка теперь вынуждена работать вместе.