Студия «Bones» основана в октябре 1998 года бывшими сотрудниками компании «Sunrise» Минами Масахико,
Осака Хироси и
Кавамото Тосихиро. Одним из первых проектов студии была совместная с «Sunrise» работа над фильмом «Cowboy Bebop: Knockin' on Heaven's Door», базирующимся на аниме-сериале «Cowboy Bebop».
В 2007 умер один из основателей студии, Осака Хироси. После его смерти к правлению студии присоединились Ватанабэ Макото и
Комори Такахиро.