Тридцать пять лет спустя, после легендарной битвы с главным флотом Бодолза, новый флот Макросс 7 отправляется в путешествие к центру галактики. Столкнувшись однажды с угрозой полного вымирания, выжившая раса людей вынашивает амбициозные планы по заселению всей галактики, отправляю колониальные корабли, такие как Макросс 7, во все уголки вселенной.