Пришельцы из глубокого космоса Аманто напали на Землю и захватили феодальную Японию. В результате мечи были запрещены, а самураи утратили былое уважение. Но в груди Сакаты Гинтоки все еще бьется сердце самурая, хотя это и не ожидаешь от сладкоежки без определенного рода деятельности. С ним трудятся очкастный паренек с большим сердцем Симура Симпати, обладательница зонтика и бездонного желудка Кагура и гигантский пес Садахару, и вместе они называются Ёродзуя (букв. "Мы делаем что угодно"). Разумеется, их случайные подработки далеко не всегда так просты, как кажутся, и им нередко приходится спасаться бегством от полиции, мятежников и наемных убийц. Они постоянно влипают в неприятности и нелепые…

Симура Симпати возвращается в Эдо после годового отсутствия и оказывается сражен: его старые товарищи по Ёродзуе Гинтоки и Кагура стали совсем другими людьми! Убежав от них в растерянности, Симпати замечает, что и прочие жители Эдо претерпели невероятные изменения как во внешнем виде, так и в характере. И совсем уж невозможно, чтобы его родная сестра Отаэ вышла замуж за бесстыжего преследователя и главу Синсэнгуми Кондо Исао и, более того, вынашивала их первенца! В замешательстве, Симпати соглашается на предложение Отаэ и Кондо вступить в Синсэнгуми и обнаруживает еще более изумительные трансформации как внутри, так и вне организации. Впрочем, вскоре выясняется, что замкомандующего Хидзиката…

Пока Сакаты Гинтоки не было на месте, Ёродзуя нашли нового лидера - Кинтоки, его точную копию, только с золотой шевелюрой. Чтобы вернуться на прежнюю "должность", Гинтоки понадобится помощь окружающих... которую не так-то просто получить, когда тебя никто не помнит! Кто же победит в борьбе за место главного героя - Гинтоки или Кинтоки? Между тем, Ёродзуя возвращаются в район красных фонарей Ёсивара, чтобы помочь пожилой куртезанке найти давно утерянного возлюбленного. Хотя район больше не удерживается под поверхностью земли, троица узнает трагические истории его обитателей, которые преследуют их до сих пор. Флешбек за флешбеком, Ёродзуя становятся свидетелями неувядающей любви, которую они стремятся…

Неунывающие несмотря на безденежье Гинтоки, Симпати и Кагура возвращаются в составе Ёродзуи! Они живут в Эдо из параллельной реальности, где мечи запрещены, а Японию захватили пришельцы, и пытаются подзаработать, выполняя любую работу, которую им предложат. Но Симпати и Кагура до сих пор не получили зарплату... Неужели Гинтоки и вправду тратит все средства на игровые автоматы? Гинтоки возвращался домой навеселе, когда рядом с ним разбился инопланетный корабль. Смертельно раненый пилот, покинувший корабль, отдает ему странное устройство, похожее на часы, и просит беречь его, поскольку в нем хранится невероятная сила. Следующим утром Гинтоки путает устройство с будильником и лупить по нему со всей…

Фильм представляет собой прямое продолжение сериала и ещё больше отступает от манги-оригинала. Здесь сохраняется драматизм "Стального алхимика", а сюжет по-прежнему связан с проблемой выбора и платы за этот выбор. Но если в сериале братья Элрики искали философский камень, дабы исправить совершённые ошибки, то теперь поисками занят только Эдвард, разлучённый с младшим братом. Альфонс вернул себе тело, но утратил память. Эда, прошедшего через Врата, выбросило в параллельной реальности, похожей на нашу. Это Германия, двадцатые годы ХХ-го века, и национал-социалистическая партия набирает силу. Алхимия бесполезна, поэтому Эдварду приходится использовать протезы. Его приютил молодой изобретатель, очень…