В 2029 году город Ниихама стал технологической столицей. Благодаря достижениям кибернетики, его горожане могут позволить себе заменять части тела роботизированными протезами. Новый мир связан гораздо теснее, и Девятый отдел общественной безопасности отвечает за борьбу с коррупцией, терроризмом и другими угрозами, обострившимися вследствие глобализации. Волевая майор Кусанаги Мотоко из Девятого отдела расследует дело загадочного хакера, известного как Кукловод. Он оставляет за собой след из людей, лишившихся воспоминаний. Как это нередко бывает в этом мире будущего, его тело практически полностью состоит из кибернетических частей, что дает ему большие возможности. По мере того, как Мотоко и ее…

В 2029 группа киборгизированных солдат в отставке захватывает заложников в знак протеста против изменений в вооруженных силах Японии, которые они считают вредоносными. Когда становится ясно, что полиция не может справиться с ситуацией, в игру вступают Кусанаги Мотоко и ее новый отряд. Всемером им удается то, что не могли сделать двести полицейских. Но вместе с неожиданным развитием событий всплывает старая проблема - вирус, способный переписывать "призрака" жертв, внушая им ложные воспоминания, и манипулирующий ими таким образом. И то, что премьер-министра подорвали на секретном совещании, делает все только хуже. В ходе расследования Мотоко и компания не только вскрывают мутные практики ведения…