Начало XXI века. Великая Япония все еще находится во власти сёгуната Токугавы, поддерживающего независимость страны с помощью Мастер-самураев - воительниц, заключивших контракт с душой великого военачальника, обычно - самурая периода Эдо. Их сил было достаточно, чтобы отбивать атаки бомбардировщиков во время Второй Мировой войны, но сейчас их число убывает. Ягю Мунэакира отправляется в Академию Буо, где обучаются будущие самураи, чтобы стать новым главой школьного додзё. Там он встречает принцессу Токугаву Сэн и ее противницу, Санаду Юкимуру, а также их верных подчиненных Хаттори Хандзо и Гото Матабэй. А когда он попадает в передрягу, с небес на него спускается обнаженная девушка, представившаяся…

Кажется, дела у Ягю Мунэакиры налаживаются. Он не только устроил отношения с Дзюбэй, бессмертной девушкой-самураем, свалившимся с небес прямо к нему в объятья с поцелуем. Ему также удалось воспользоваться своей способностью пробуждать тайные силы девушек-самураев с помощью поцелуев, чтобы собрать вокруг себя немало могучих и женственных воительниц. Более того, он привел их к победе над приспешником великого зла. Неужели он просит слишком многого - всего лишь передышки от спасения Японии? Похоже, и вправду многого. На японские земли надвигается новое зло, еще сильнее прежнего. Впрочем, это не главная напасть. У Мунэакиры есть проблемы поважнее - того рода, которые возникают, если целовать девушек-самураев…

Как уже давным-давно заведено: история повествует нам об обычном японском школяре Коге Рёске, в жилах которого бурлит кровь подростка-извращенца и большого дамского почитателя, его любимая фраза и постулат принципов жизни: "Девушками надо дорожить!" Что само по себе является его особой чертой. Этот паренек никогда не посчитает зазорным помочь незнакомой девушке, если та попала в беду. И как-то возвращаясь домой из школы в дождливую погоду, он вдруг замечает таинственную незнакомку, вставшую посреди улицы и мокнущую под дождем. Как истинный джентельмен он предлагает ей пойти к нему домой, чтобы обсохнуть и погреться, разумеется надеясь на некоторую "благодарность" с ее стороны, однако оказавшись…

Икари Синдзи приезжает в Токио-3 к отцу, отправившего его подальше после смерти матери. Подавленный юноша не ожидает от их встречи многого, но надеется наладить с ним общение. Но Токио-3 больше похож на гигантский бункер или военную базу, чем на мирную столицу, а вместо отца его встречает майор Кацуруги, оказавшаяся оптимистичной зрелой девушкой. Она отвозит его в штаб-квартиру организации NERV, где Икари Гэндо, отец Синдзи, работает на благо человечества. Но вместо долгожданного возвращения оказывается, что все, для чего ему понадобился сын - это для сражения с чудовищными Ангелами внутри гигантского человекообразного робота. Груз ответственности за весь мир ложится на плечи Синдзи, и поддержки…