Икари Синдзи приезжает в Токио-3 к отцу, отправившего его подальше после смерти матери. Подавленный юноша не ожидает от их встречи многого, но надеется наладить с ним общение. Но Токио-3 больше похож на гигантский бункер или военную базу, чем на мирную столицу, а вместо отца его встречает майор Кацуруги, оказавшаяся оптимистичной зрелой девушкой. Она отвозит его в штаб-квартиру организации NERV, где Икари Гэндо, отец Синдзи, работает на благо человечества. Но вместо долгожданного возвращения оказывается, что все, для чего ему понадобился сын - это для сражения с чудовищными Ангелами внутри гигантского человекообразного робота. Груз ответственности за весь мир ложится на плечи Синдзи, и поддержки…

В далеком будущем люди живут в околоземном пространстве, вокруг Солнца раскинулась огромная сфера Дайсона, а человечество все так же рвут на части междоусобицы. Главными силами конфликта являются германская империя Доруссия, Атлантическая Федерация Арус и экономически успешный, но не богатый военными ресурсами Джиор, наследник маленькой, но гордой островной нации. Доруссия вторгается во владения Джиора в Сфере, торгаши из Аруса бросают бывших союзников, атакованные модули падают в руки врага, как спелые яблоки… кроме одного. А там в чем дело? Дело в том, что в модуле-77 расположена старшая школа Сакимори, а с японскими… то есть, джиорскими школьниками шутки плохи! Это в мирное время старшеклассник…

Идёт 71 год Истинного Летоисчисления. Вследствие перенаселённости Земли человечество совершило бросок в космос и создало гигантскую колонию под названием сфера Дайсона. В это время на Земле почивают сверхдержавы СШАК и Доруссия, а так же образуется Новый Третий Рейх. Сериал начинается с нападения Доруссии на сферу ЯНОР №1, 77 модуль, хранящую в себе новейшее вооружение. Жители пытаются найти укрытие. Среди них оказывается Токишима Харуто, рядом с которым случайно оказывается гуманоидное оружие Валврейв. Увлечённый местью, подросток забирается внутрь, активирует механизм и отражает атаку Доруссии…