В далеком будущем люди живут в околоземном пространстве, вокруг Солнца раскинулась огромная сфера Дайсона, а человечество все так же рвут на части междоусобицы. Главными силами конфликта являются германская империя Доруссия, Атлантическая Федерация Арус и экономически успешный, но не богатый военными ресурсами Джиор, наследник маленькой, но гордой островной нации. Доруссия вторгается во владения Джиора в Сфере, торгаши из Аруса бросают бывших союзников, атакованные модули падают в руки врага, как спелые яблоки… кроме одного. А там в чем дело? Дело в том, что в модуле-77 расположена старшая школа Сакимори, а с японскими… то есть, джиорскими школьниками шутки плохи! Это в мирное время старшеклассник…

Идёт 71 год Истинного Летоисчисления. Вследствие перенаселённости Земли человечество совершило бросок в космос и создало гигантскую колонию под названием сфера Дайсона. В это время на Земле почивают сверхдержавы СШАК и Доруссия, а так же образуется Новый Третий Рейх. Сериал начинается с нападения Доруссии на сферу ЯНОР №1, 77 модуль, хранящую в себе новейшее вооружение. Жители пытаются найти укрытие. Среди них оказывается Токишима Харуто, рядом с которым случайно оказывается гуманоидное оружие Валврейв. Увлечённый местью, подросток забирается внутрь, активирует механизм и отражает атаку Доруссии…

Прошло четырнадцать лет после Третьего удара. Планета окончательно погрузилась в руины, а люди, которые были дороги Синдзи, изменились до неузнаваемости. Его, запертого в Ева-01, возвращают из космоса Аска и Мэри, но только для того, чтобы сделать пленником WILLE - военной организации, возглавляемой Кацураги Мисато. Его бывшие союзники относятся к нему в лучшем случае с подозрением, в худшем - с отвращением, а когда он пытается разобраться с последствиями своих действий - оставляют его без внимания. Страдающего от непонимания Синдзи спасает и доставляет в остатки штаб-квартиры NERV Рэй. Там он знакомится с таинственным Нагисой Каору - первым человеком с момента возвращения, который радушное его…

Благодаря открытию уникального ресурса Меркуриона, люди колонизировали огромные космические пространства. В ходе экспансии новых миров человечество постепенно раскололось на два противоборствующих лагеря, из-за различного отношения к возможностям меркуриона и его использованию. Это были Альянс , основными войсками которого были стрейны (манёвренные автоматизированные боевые машины) и гамби (тяжёлая пехота), и Диги, которые используют Туморов (боевые роботы небольшого размера, со встроенной пушкой и механическими щупальцами) как основное средство защиты и нападения. Ральф Верек - лучший пилот Стрейна Альянса, которому было доверено управление уникальным по боевым характеристикам стрейном класса…