Война между человечеством и зентради закончилась, и объединенные народы отправляют совместную экспедицию в центр галактики. Флот колониальных кораблей называют "Макросс Фронтир". Межзвездные раздоры оставлены в прошлом, и жизнь в колонии идет своим чередом. В 2059 году известная певица Шерил Ноум организует на Макроссе Фронтир концерт. Начинающий пилот меха Саотомэ Альто и его товарищи эскортируют ее, но уже во время выступления начинается вторжение биомеханических инопланетян ваджра. Ваджра прорвались сквозь защитный периметр, окружавший корабль, и врезались неподалеку от концертного зала, повергнув город в хаос. Слушателей эвакуируют, но девушка по имени Ранка Ли отстает. Ваджра ловят ее в…

Оказавшись в световых годах от Земли, Гиперпространственная крепость Макросс несет город, населенный военными и мирными жителями, обратно домой. Дорогу приходится прокладывать через бои с зентради и мелтранди, объявившими человечеству межзвездную войну. Во время боя Макросс превращается в гигантскую меху, которой управляет пилот истребителя Итидзё Хикару. Многочисленные передряги позволяют ему узнать получше айдола города, Лин Минмэй. Их отношения развиваются, но не все их одобряют из-за высокого статуса и известности Минмэй. Война продолжается, положение на Земле остается неизвестным, а Хикару и его боевые товарищи отбивают атаки загадочного противника. Несмотря на кровопролитие, Хикару и Минмэй…