Сюжет сериала основан на так называемой альтернативной истории. В 1945 году, когда Вторая мировая война подходила к концу, разрозненное человечество было вынуждено объединиться перед лицом общего врага. Неизвестные пришельцы, которых назвали Призрачными Зверями напали на Землю. Общая структура нападений была такой: где либо, в населённой местности, появлялся гигантский пришелец называемый Мозгом, создающий вокруг себя зону химического заражения, внутри которой невозможно выжить без защитных средств. Мозг защищали от атаки остальные пришельцы, собственно их и называли Призрачными Зверями. Газ испускаемый Мозгом, по-видимому, был жизненно необходим для Зверей, поэтому для прекращения атаки его…

Страшная катастрофа уничтожила мир, и только город-крепость Токио, защищенный мощным силовым полем, остался последним осколком человечества. Так считает 17-летний Аято Камино, токийский школьник, ведущий, как он считает, нормальную жизнь. Жизнь эта кончается вместе с прорывом силового поля и налетом странных истребителей, которым противостоят еще более странные боевые машины. В наступившей суматохе Аято сталкивается с молодой женщиной Харукой Сито, к которой сразу чувствует странное притяжение… Вот так судьба в образе Харуки приводит Аято к богоподобному существу по имени Ра-Зефон, таинственному гиганту, которого можно назвать роботом, а можно – инструментом настройки Вселенной. С его помощью…

Земля, пришельцы, война, любовь, и потеря, потеря любимого человека. Далее встреча, счастье опять Любовь и опять разлука теперь уже навсегда, навечно. Аято избранный, и он должен сам решить чего он хочет от мира, который теперь в его руках, теперь ему решать, кто будет жить, а кто умрет, кто будет любить, а кто ненавидеть. РаЗефон огромный робот предназначение которого - создавать мир. Аято тот, кому суждено стать сердцем РаЗефона, и став им он сам погибнет, перестанет существовать в этом мире, а ведь он только что нашел ту, ту единственную которую любит и которую так долго искал. Харука та его единственная, которую он искал, которая так же сильно любит его как много лет назад и она должна потерять…

Давно, когда неба и земля исчезли и осталась лишь атмосфера, появилась золотая раса, их главная способность позволяла творить чудеса. Они могли создать кучу звёзд и заглядывать в будущее. Вселенная выглядела очень пустой и безлюдной, но, не теряя надежду в лучшее, они осуществили призыв всех, кто существовал в этом мире, голос который разносился в безграничные уголки космоса нёс единственную фразу: "Придите на мой зов все те, кто когда-либо жил в этой вселенной". И только три расы откликнулись на это сообщение, и в этот самый момент мудрецы произнесли их имена "Серебряная раса", "Бронзовая раса" и "Героическая раса". Но настал момент, когда золотым пришлось уйти с этой вселенной и перейти в новую,…