Икари Синдзи приезжает в Токио-3 к отцу, отправившего его подальше после смерти матери. Подавленный юноша не ожидает от их встречи многого, но надеется наладить с ним общение. Но Токио-3 больше похож на гигантский бункер или военную базу, чем на мирную столицу, а вместо отца его встречает майор Кацуруги, оказавшаяся оптимистичной зрелой девушкой. Она отвозит его в штаб-квартиру организации NERV, где Икари Гэндо, отец Синдзи, работает на благо человечества. Но вместо долгожданного возвращения оказывается, что все, для чего ему понадобился сын - это для сражения с чудовищными Ангелами внутри гигантского человекообразного робота. Груз ответственности за весь мир ложится на плечи Синдзи, и поддержки…

Масаки Кэнси похитили и отправили в мир под названием Геминар. Чтобы вернуться домой, он согласился помочь похитителям воспользоваться гигантским Священным Механоидом и убить недавно коронованную императрицу Империи Штраю, Лашару Аасу XXVIII. В бою Лашара отмечает способности Кэнси и приказывает взять его живьем. К ее изумлению, Кэнси мужчина - явление, редкое для Геминара. Решив, что он слишком ценен, чтобы его убивать, она делает его своим сопровождающим. Став слугой императрицы, Кэнси составляет ей компанию по пути в Священные Земли, где пилоты Священных Механоидов оттачивают свои навыки. Его прибытие вызывает бурный интерес, но Кэнси еще не знает, что в академии готовится что-то ужасное.…