Икари Синдзи приезжает в Токио-3 к отцу, отправившего его подальше после смерти матери. Подавленный юноша не ожидает от их встречи многого, но надеется наладить с ним общение. Но Токио-3 больше похож на гигантский бункер или военную базу, чем на мирную столицу, а вместо отца его встречает майор Кацуруги, оказавшаяся оптимистичной зрелой девушкой. Она отвозит его в штаб-квартиру организации NERV, где Икари Гэндо, отец Синдзи, работает на благо человечества. Но вместо долгожданного возвращения оказывается, что все, для чего ему понадобился сын - это для сражения с чудовищными Ангелами внутри гигантского человекообразного робота. Груз ответственности за весь мир ложится на плечи Синдзи, и поддержки…