Сюжет происходит в 2014 году в Йокогаме. Два приятеля Найс и Мурасаки открывают своё детективное агенство под названием Hamatora. При этом их "офисом" служит столик в кафе Nowhere, где они ждут своих клиентов. Их старый знакомый, полицейский по имени Арт, нанимает их для расследования серии убийств, в ходе которого они обнаруживают, что все жертвы были "Держателями Минимума", людьми с особенными наследственными способностями. Из-за того, что Найс и Мурасаки сами являются "Держателями Минимума", они оказываются втянутыми в это дело, хочется им этого или нет.

На этот раз место действия — территориальные воды острова Хатидзё, Токио. Инженеры со всего мира собрались для полномасштабного запуска «Pacific Buoy», морского объекта, соединяющего камеры слежения полиции всего мира. Там тестировалась некая «новая технология», применявшая систему распознавания лиц. Тем временем Конану, который посещает Хатидзё с Юными Сыщиками по приглашению Соноко для наблюдения за китами, звонит Окия Субару и сообщает, что сотрудник Европола был убит в Германии Джином, членом Черной Организации. Обеспокоенный, Конан пробирается в полицейский корабль, на котором находятся Курода Хёэ и полицейские, которые направляются для охраны объекта. Идет подготовка к полной активации…

У старшеклассника Лайта Ягами в жизни есть всё: успехи в школе, популярность среди сверстниц, замечательные родители, блестящее будущее. Возможно, поэтому так тяжело ему жить в мире, полном несправедливости, и осознавать, что никакие законы не способны исправить людей и очистить мир от зла. Но однажды юноша находит странную чёрную тетрадку и знакомится с её владельцем – синигами Рюком (синигами - бог смерти). Возможности «Тетради смерти» позволяют Лайту стать Кирой – загадочным и всеведущим убийцей, карающим преступников. Более того – изучив правила использования тетради, юноша успешно избегает ловушек, расставленных спецслужбами. Никто не может его поймать. Но у таинственного «L» никогда не…

Death Note : R — снятая Араки Тэцуро специальная версия аниме-сериала Death Note, представляющая собой компиляцию первых 25 серий с дополнением нескольких сцен и альтернативной концовкой, в которой Рюук убивает Лайта. Фильм начинается и заканчивается сценами из мира синигами, где Рюук рассказывает другому синигами историю Лайта.