Начало XXI века. Великая Япония все еще находится во власти сёгуната Токугавы, поддерживающего независимость страны с помощью Мастер-самураев - воительниц, заключивших контракт с душой великого военачальника, обычно - самурая периода Эдо. Их сил было достаточно, чтобы отбивать атаки бомбардировщиков во время Второй Мировой войны, но сейчас их число убывает. Ягю Мунэакира отправляется в Академию Буо, где обучаются будущие самураи, чтобы стать новым главой школьного додзё. Там он встречает принцессу Токугаву Сэн и ее противницу, Санаду Юкимуру, а также их верных подчиненных Хаттори Хандзо и Гото Матабэй. А когда он попадает в передрягу, с небес на него спускается обнаженная девушка, представившаяся…