Современная Япония. В самом начале истории Японии юная дева Кусинада-химэ была обещана богу Сусаноо-но-Микото за победу над восьмиглавым драконом Ямато-но-Ороти. С тех пор для того, чтобы сдерживать нападение на Землю демонов-арагами, все перевоплощения Кусинады-химэ должны приноситься в жертву Сусаноо. Главная героиня «Голубого семени» — пятнадцатилетняя школьница Фудзимия Момидзи, перевоплощение Кусинады-химэ. После предполагаемой гибели ее сестры-близнеца Каэдэ охрану Момидзи взяла на себя секретная японская правительственная организация, «сборная солянка» из специалистов всех областей знания и умения. Теперь они все стоят перед сложнейшей проблемой — можно ли спасти мир без возрождения человеческих…