Икари Синдзи приезжает в Токио-3 к отцу, отправившего его подальше после смерти матери. Подавленный юноша не ожидает от их встречи многого, но надеется наладить с ним общение. Но Токио-3 больше похож на гигантский бункер или военную базу, чем на мирную столицу, а вместо отца его встречает майор Кацуруги, оказавшаяся оптимистичной зрелой девушкой. Она отвозит его в штаб-квартиру организации NERV, где Икари Гэндо, отец Синдзи, работает на благо человечества. Но вместо долгожданного возвращения оказывается, что все, для чего ему понадобился сын - это для сражения с чудовищными Ангелами внутри гигантского человекообразного робота. Груз ответственности за весь мир ложится на плечи Синдзи, и поддержки…

Икари Гэндо претворяет в жизнь свои планы по воссоединению с погибшей женой. В ответ SEELE объявляют массированную атаку на штаб-квартиру NERV. Идут приготовления к началу Третьего удара, после которого человечество перестанет существовать в прежнем виде. Только раздавленный депрессией Синдзи и лежащая в коме Аска могут его предотвратить, но так ли это необходимо? (c) FindAnime