Фильм представляет собой прямое продолжение сериала и ещё больше отступает от манги-оригинала. Здесь сохраняется драматизм "Стального алхимика", а сюжет по-прежнему связан с проблемой выбора и платы за этот выбор. Но если в сериале братья Элрики искали философский камень, дабы исправить совершённые ошибки, то теперь поисками занят только Эдвард, разлучённый с младшим братом. Альфонс вернул себе тело, но утратил память. Эда, прошедшего через Врата, выбросило в параллельной реальности, похожей на нашу. Это Германия, двадцатые годы ХХ-го века, и национал-социалистическая партия набирает силу. Алхимия бесполезна, поэтому Эдварду приходится использовать протезы. Его приютил молодой изобретатель, очень…
Вампир Ванитас, презираемый окружающими за то, что он родился под голубой луной, вырос в страхе и одиночестве. По легенде, он создал проклятый гримуар, "Мемуары Ванитаса", который, как говорят, однажды принесет возмездие всем вампирам, рожденным под кровавой луной. XIX век, Париж. Ноэ Архивист прибывает в город в поисках прославленных "Мемуаров Ванитаса". Во время полета на дирижабле на него нападает вампир, но его спасает эксцентричный доктор. Он называет себя Ванитасом и носит при себе искомую книгу. По иронии, этот самопровозглашенный специалист по вампирам - простой человек, унаследовавший как имя, так и книгу от своего господина. Но, несмотря на этот неожиданный парад шарлатанов, Ванитас…