После разрушительного нападения пришельцев человечество было вынуждено покинуть Землю. Теперь люди живут на огромных космических кораблях, а с пришельцами бьются на специальных мехах, пилотом одного из которых станет и главный герой. Танигазе Нагате, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония» по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо - гауна. Какова же роль Нагате в предстоящей битве с гауной?

Космический корабль Сидония - последний ковчег человечества посреди враждебного космоса, продолжает свою борьбу за выживание. На этот раз враг не только снаружи, но и внутри корабля.

Главный режиссёр второго сезона Сидонии, Сэсита Хироюки, на фестивале анимационных фильмов Annecy сообщил, что третий сезон в работе.